A története szorosan az előző rész után játszódik. A Citadel megsemmisülése folyamán felszabaduló energia egy szuperportál létre jöttét eredményezte. Az épület számítógépéből kinyert adatokat a White Forest (Fehér Erdő) nevű titkos bázison tartózkodó tudósok csoportjához kell eljuttatnia Gordon Freemannek. A játék elején egy Hunter megtámadja Alyset, aki súlyosan megsérül. A Vortigauntok tudnak segíteni, de csak akkor, ha Gordon az antlionok fészkéből szerez egy bizonyos anyagot, amit ők csak "Vortessence"-nek hívnak. A kalandos út után sikerül magához téríteni a lányt, ám a mágikus cselekmény közben G-man is megjelenik Gordon vízióiban. Továbbhaladásuk során egy lerombolt híd túloldaláról Freeman szerez egy autót, mellyel gyorsabban mehetnek White Forest felé. Útközben találnak egy Combine Advisort, amivel majdnem végeznek is, de az végül elmenekül. A Combine erők üldözik őket a bázisra vezető útjuk alatt. A megérkezésük után Freeman feladata, hogy megvédje azt a támadó Striderektől. Miután elmúlt a fenyegetés, a kutatócsapat sikeresen elindít egy rakétát, ami bezárja a szuperportált.

kétszer katt a HL2E2.7z fájlra automatik kicsomagolja és utánna go game.